戦いは、1467年（応仁元）正月に始まった。山名の四天王といわれた、垣谷・太田垣・八木・田結庄（たいのしょう）などの武将をはじめ、遠く因幡（鳥取）備後の軍も加わり、二万六千余騎が出石に揃い、六月京都に攻め入った。
細川勝元策謀とみられる播磨赤松氏とのたび重なる争いと将軍の世継ぎ問題が絡んだこの戦は、東軍細川勝元と西軍山名宗全（持豊）が、日本を二つにわけての戦いとなった。十一年 という長い戦いになり、赤ら顔で太っ腹、毘沙門天の化身「赤入道」と言われた宗全ではあったが、1473年（文明5）病死。息子の教豊も既に亡く、家督を継いだ政豊は、戦いの決着がつかぬまま、一族共に出石に帰り、1477年（文明9）、応仁の乱はついに終わりを迎えた。

【木造千手観音立像】1535年（天文4）、山名祐豊が総持寺に寄進したもの

此隅城を落とされ、一旦逃げのびた祐豊は、その後、信長に許され再び出石に戻り有子山の山頂に城を築く。しかし、毛利を攻略しようとする信長の野望により、羽柴（豊臣）秀吉軍によって再び、二度の但馬征伐にあう。有子山城はあえなく落城の運命をたどる。
祐豊の子、氏政は因幡に逃れ、祐豊は七十歳で病死。ここに二百余年続いた但馬守護山名氏は滅びる。

1604年（慶長9）、山麓に城を移し、さらに内堀、外堀を設け、町の出入口は寺院を配置して、基盤の目のような町並みを作りあげた。一度、岸和田藩へ戻るが再封後は宗鏡寺の再興、領内の検地などを実施し、藩政の基盤をしっかりと築いた。

徳川家新藩の松平氏が城主となる。小出氏の断絶以降、騒がしかった城下だったが、記述によると、武蔵の国より忠徳が入国した日を限りに静かになったと記されている。在任期間は短かったが、三の丸に対面所を建て1702年（元禄15）移り住んでいる。以降歴代城主の居館となった。（現在の出石町役場付近）

政明が江戸城へ登城したのは1706年（宝永3）正月二十八日。信州上田藩仙石氏と出石藩松平氏の国替えが命じられた。同年六月、政明は11歳で祖父より家督を継いでいた上田藩から、出石藩の藩主となった。47歳の頃である。仙石氏は明治の廃藩置県まで、出石藩主として続いていく。

出石藩士の子に生まれる。弘道館に学び、特に記憶力、武術に優れた秀才であった。
外国船が日本に来航するやいなや、長崎で西洋の砲術を学び、自ら木製の大砲を作り、出石で実射をおこなう。当時大砲を持つ藩は、近畿でも限られており画期的な出来事だった。
その後、勤皇派の人々と共に働いたが、生野義挙で倒幕の兵を上げ失敗。逃亡中浅間峠で斬殺される。
高橋甲太郎と共に「攘夷論」「海防難論」など多くの書物を書き残している。